虽然大多数患者治疗时使用被动散射方法进行照射，但现代先进的质子治疗中心往往采用铅笔束扫描，因为与被动散射方法相比，铅笔束扫描可以提供更灵活的和适形的剂量分布，同时还可以尽可能地减少整体受到的照射。
肿瘤放疗过程中质子射线可运用自动化技术人为控制其能量释放的方向、部位和射程，准确靶向肿瘤病灶区域，实现“定向爆破”。同时质子线治疗是为每位患者量身定做的，例如制定治疗计划、创建固定身体的器具和辐照设备等，都是为了将质子线准确照射到病灶上。
如果说质子治疗有什么不足，第 一个就是治疗费用高，目前国内一个疗程需要十几万，而且没有医保报销（部分商业保险能报销）。所以这笔治疗费用对很多患者和家庭而言是一笔不小的开支。
此外，质子治疗虽然是放疗的技术，但也不是全能的。不是所有的癌症患者都适合质子治疗。
绝大多数情况下，质子治疗不能替代化疗、靶向治疗和手术治疗。如果发生了全身广泛转移的恶性肿瘤，这种情况下使用质子治疗的意义就不大，因为不可能把全身的病灶都放疗照射个遍。当然如果想搭配免疫治疗，使用质子治疗来轰击肿瘤病灶释放抗原，然后上PD-1等免疫治疗，这个思路合理，但具体执行需要与医生进行沟通以确定是否适合。
白血病、多发性骨髓瘤等血液肿瘤也不适合使用质子治疗。
