近年来，PET-CT在体检中有增长趋势，PET-CT在临床医疗上确实有它不可替代的优势。大部分肿瘤的葡萄糖代谢是增高的，目前国际上已形成共识，PET-CT检查在肿瘤方面首先适用于：高危人群的肿瘤筛查；已经明确诊断为恶性肿瘤的患者的分期、复发后的再分期；恶性肿瘤治疗疗效评估；辅助制定治疗方案；肿瘤预后的评估；寻找转移瘤的原发部位；引导肿瘤穿刺、活检和介入治疗等。另外也常常应用于神经系统、精神疾病、心血管疾病的诊疗评估等。
虽然PET-CT优点很多，但它也有不足的地方，主要体现在：价格昂贵，加重医疗负担；有一定假阴性病变，也就是说有一少部分肿瘤性病变，PET-CT并不能发现异常，比如肝细胞癌等；对于泌尿系统病变，由于PET-CT使用的显像剂主要由肾脏排泄，造成放射性本底高，也影响泌尿系统疾病的诊断；PET-CT检查有一定的辐射。
从目前看，PET-CT并不能完全取代CT、MRI、胃肠镜甚至超声等其他检查。比如PET-CT在发现空腔脏器（胃、肠等）病变方面存在盲区，因此并不能取代胃镜、肠镜等常规检查。每项检查技术都有其优势，确诊肿瘤又是一个复杂的过程，并非一个PET-CT便可说明所有问题，故而有时候在做PET-CT诊断时，医生还会参考CT、MRI甚至超声检查等情况综合考虑。
