治疗慢性肛隐窝炎可以通过饮食治疗以及药物治疗，注意饮食清淡，多吃一些容易消化的食物，避免食用烟熏的、油炸的食品，一些脂肪含量高的食物，比如肥猪肉尽可能的避免食用。
还可以应用一些中药坐浴或熏洗，改善肛周的微循环，常用的药物有苦参汤或祛毒汤。还可以将痔疮栓塞入肛门内，在体温的作用下融化，可以起到抗炎的作用。还可以口服一些中药进行调理应用，凉血地黄汤起到滋阴清热、凉血、止痛的作用。口服止痛如神汤，起到清热利湿、活血止痛的作用。还应当积极的给予抗生素治疗，控制局部炎症，根据感染细菌的不同种类，给予相应的药物，必要时做药敏实验。
