射波刀定位当天，所有患者需空腹4～6小时，盆腔肿瘤患者定位前半个小时排空小便后饮水200ml。为了治疗的重复性和一致性需制作固定模具，其中颅内、头部、颈部和颈椎的疾病使用面罩，而体部、脊柱和软组织病变使用真空体模。病人带着量身定做的固定设施进行扫描定位，以保证CT扫描和治疗要在相同的固定条件下，确保CT扫描和治疗的可重复性。
要求患者身体躺正，尽量对称，扫描范围在前后左右方向要包括患者及固定装置，在头足方向上肿瘤上下缘外放10～15cm。对于腹腔、盆腔肿瘤必须做增强扫描。对于前列腺肿瘤，对膀胱和直肠还有一些特殊要求。层厚为1～1.5mm，等层厚连续性扫描。为了更好的显示靶区、区分正常组织，绝大多数患者需要进行增强扫描。
目前常用的造影剂是含碘制剂，对既往有碘造影剂或含碘食物过敏史、甲状腺功能亢进的患者禁用碘造影剂。对于高危人群如心、肾、肝功能不全，哮喘、过敏体质、高龄、婴幼儿及极度虚弱者要慎用。并签署“CT增强检查知情同意书”。目前，常用的非离子型造影剂安全性高，一般不会发生过敏现象，但仍有少数患者可能发生不良反应。
轻度不良反应：荨麻疹、头疼头昏、恶心呕吐；中度不良反应：口舌麻木、结膜充血、胸闷气急；重度不良反应：呼吸困难、血压骤降、心脏骤停。因此，CT增强扫描后应观察30分钟后再离开，以防止迟发性超敏反应的发生。治疗结束后定期随访，2年内每3个月进行一次检查（部分肿瘤要求前3个月每月随访），3～5年内每半年一次，5年后每年一次。拍摄CT增强或MRI增强，有条件也可选择PET-CT对治疗效果进行评估，监测病情的变化。
