脊索瘤本质上是良性肿瘤，但是恶性表现，即颅骨侵蚀。因此，在每次手术期间，脊索瘤的残留状态不能完全消除，并且以后可能复发。质子治疗目前还不是所有人都能接受的治疗方法，因为质子治疗仍处于临床试验中，小规模应用尚未得到广泛开发。另外，用于质子治疗的设备非常昂贵，并且治疗周期很长，并且成本问题也是一个巨大的问题，因此并不是每个人都能长时间进行质子治疗。
脊索瘤是一种低度恶性肿瘤，起源于胚胎期剩余的脊髓组织。它生长缓慢，侵略性和破坏性地生长，并且侵入并破坏了头骨基部的骨骼。一旦出现症状，它们通常是粘着包裹周围神经和颈内动脉，压迫并刺激脑干，并且颅骨根部的骨骼已被入侵和破坏。尽管质子刀可以准确地治疗脊索瘤，对周围正常组织的损害很小，但无法预防脊索瘤。复发后，五年生存率约为70％。
质子疗法也是放射疗法的一种，但是使用高能质子代替X射线或伽马射线。这些高能质子对正常人体组织的危害很小，并且定位非常精 确。对于某些难以手术切除的恶性肿瘤，或相对有限的转移性病变（包括脊索瘤）具有良好的治疗效果。一般治疗时间超过一个月，患者的痛苦也很小，没有与传统的放疗和化疗一样不舒服。当然，费用昂贵，约30万元左右，医疗保险和农村合作医疗保险不予报销。
质子治疗目前尚未在全国范围内进行，因为治疗设备非常昂贵，并非每家医院都配备该设备，对于脊索瘤，手术切除是最主要的方法，其次是放射疗法，这是最常规的方法。但是，如果由于某些情况而进行质子治疗，则费用确实是昂贵的，医疗保险的报销比例可能不高。在某些地区，质子治疗可能无法报销。
