petct临床应用的主要不足是示踪剂。18F-FDG不是肿瘤特异性示踪剂。炎症细胞、肉芽肿组织均可摄入18F-FDG，因而，在部分病例，单纯依靠PET鉴别良恶性会有假阳性表现。
目前，全世界正在努力通过严格、科学的循证医学策略研究和探寻新的有效而具有特异性的示踪剂，以期PET-CT获得更高的临床应用价值。
pet-ct的另一不足是基于其成像原理，尽管PET的分辨率和灵敏度较一般的核医学方法高出不少，但实质上，PET依然是一种低数据量、低分辨率的显像方法。PET的分辨率不足，过小病灶无法显示，或受部分容积效应影响，可以造成假阴性结果。
示踪剂在体内分布有明显的组织特异性，这一方面是PET诊断的基础，另一方面也引起PET病灶周围的解剖结构显示差，图像缺乏解剖参照。故PET图像不易理解，有时也不易被临床医师所接受。所以在临床诊断中医生的经验非常重要。
尽管与CT、MRI相比较，petct优势明显，但petct能否在临床上获得应有的认可和发挥其独特的优势，一般情况取决于petct工作者在自己的工作中与临床、与其他影像技术结合的程度，以及为临床提供信息、协助临床解决问题的态度与成绩等。
