1、PET-CT检查中的假阳性和假阴性
PET-CT影像是根据细胞对葡萄糖，氨基酸的代谢能力，氧的利用率，局部血流量的情况下诊断的。但类似情况有，炎症细胞，结核细胞的代谢，故可产生假阳性；用药后（注射到体内的正电子核扫描时间选取不当，也可产生假阳性结果。肿瘤体积较小，尤其当肿瘤体积小于0.7cm3时，容易得出假阴性，当肿瘤分化良好引起SUV低，也会产生假阴性。
据报道，用两种正电子核素注入人体，可提高敏感度，比如用18F，11C，鉴别肿瘤细胞和炎性细胞，虽然常常是有效的，但对于肉状瘤，肉芽肿，病变小于1mm时却无效。对已患有癌症并伴有淋巴腺转移的患者，作PET-CT检查不能完全确定该淋巴腺为转移灶。
2、PET-CT放射线辐射
作PET-CT检查需注入体内具有辐射的同位素，虽然T1/2短，但也可能存在低剂量敏感，加之浑身CT扫描，多排或单排CT，都将接受一定剂量辐射。
3、PET-CT技术维护复杂设备价格昂贵
PET-CT使用中需进行复杂的技术校准，对PET需常常校准其线性、均匀性和能量。医院或附近应具备生产正电子药物的小型回旋加速器。该设备价格昂贵，且需专门建造防放射辐射泄漏的加速器机房，配备具有知识的专职工程师制药和保障机器的正常运行。
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