PET-CT与PET-MR之间“对比”。由于使用MRI替代CT，PET-MRI的辐射相较PET-CT大大减少，避免由于过多辐射引起的副作用。接受检查者只需静脉注射微量的显像剂（生理代谢物的类似物），无致敏性且对人体不构成危害。此外，PET数据和MRI数据的同步无缝对接，使PET-MRI的显像清晰度也超过PET-CT，超高的灵敏度让一次检查便可发现全身是否存在微小病灶，同时提供清晰地血管影像，可以为患者真正创造早期治疗的条件。
PET-MRI与PET-CT相比较，存在以下优势：①PET/MRI免除了CT部分的辐射剂量，患者所受医疗照射剂量低，部分PET/MRI可实现真正的同步数据采集。对于危重患者、射线敏感的患者和儿童等特殊群体来说，PET/MRI是更为理想的影像学检查手段。
②MRI可以得到高分辨率和对比度的软组织图像，在神经、骨骼肌肉、心脏和肿瘤诊断中有一定优势。PET-CT与PET-MR之间“对比”。
③MRI具有非常灵活的扫描技术和多功能成像技术，如功能MRI、弥散和波谱分析等。随着PET/MRI的技术发展，这些优势会越来越多地体现在临床应用上。
适用于多种疾病的早期发现，全面排查病发可能；适用于全身肿瘤原发和转移灶的寻找；适用于恶性肿瘤的诊断、良恶性病变的鉴别；对于肺癌、淋巴瘤、头颈部肿瘤、消化道肿瘤、乳腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、肾上腺肿瘤和转移性甲状腺癌等尤其适用。
PET-CT与PET-MR之间“对比”。能够帮助癫痫灶的定位以及早老性痴呆症等的诊断；能够帮助冠心病及心肌梗死等的诊断、心肌活力的评估。
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