质子治疗在各种部位肿瘤治疗的具体优势：
乳腺：避免照射心脏、肺和臂丛神经；头颈部：降低脊髓、脑干、颅神经、涎腺、眼、骨骼和脑的吸收剂量；盆腔(前列腺、膀胱和直肠)：降低骨的吸收剂量，避免照射膀胱，直肠等器官；治疗体积大的肉瘤时，可以不损伤骶从神经；妇科系统：如盆腔病灶，可以提高宫旁剂里；治疗阴道癌的剂量分布更好；当后装治疗不合适时；当需要延长靶区到主动脉旁区域时。
四肢：减轻淋巴水肿和畸形；肺：更好的保护肺和心脏功能；肝/胰腺：显著降低急性反应，可以安全的对放射抗拒肿瘤进行剂量升级，例如肝细胞肝癌和胆管癌；脊柱旁/住动脉旁：躲开小肠，脊柱和肾脏；中枢神经：降低敏感器官，如下丘脑，垂体的辐射，降低中风的危险。降低中枢神经系统外器官的辐射，如脊髓前方组织和其他附属器官，如眼和听觉器官。
因为质子有其独特的物理性，所以质子治疗可以提高肿瘤部位的剂量照射，同时降低正常部位的剂量照射。比起X-射线和电子线照射技术来说，质子治疗一定会使病人或多或少的受益。所以说，凡是需要使用放射治疗的病人都可以选择质子治疗。
但是考虑质子放射的效价比问题，我们认为质子治疗在某些解剖部位肿瘤有一定的优势。对于体内深部早期肿瘤，特别当手术可以引起较高的并发症、病死率和费用时，质子治疗可能取代手术治疗且疗效不低于手术治疗；此外，质子治疗可能对年老体弱的病人，合并使用化疗或手术的病人有一定的优势；儿童肿瘤病人和二程放射治疗病人可能是质子治疗受益比较大的病人群体。
