质子重离子放射治疗因其具有能级高和穿透性强的特点，质子重离子放射治疗有着自身的优势，质子重离子放射治疗是无创技术，没有痛苦，有着很明显的优势。质子重离子治疗适应症包括：
1.处于生长发育期儿童的恶性肿瘤，传统放疗有导致发育畸形和致癌的长期毒性，质子放疗在有效根治肿瘤的同时，能最 大程度的保护正常组织、避免发生第二原发肿瘤。
2.质子放疗可有效保全脏器功能和外观的肿瘤，如眼睛肿瘤可避免眼睛剜出术、乳腺癌可良好保护乳腺外观等。
3.因心肺功能和肝功能储备差和年老等原因无法耐受手术或不愿意手术的病人，如早期肺癌、肝癌和前列腺癌等，质子放疗可取得和外科手术相似的疗效。
4.手术或化疗后可长期生存，但因毗邻心脏等关键脏器，常规放疗会导致心肌梗死等长期致命并发症的肿瘤，如左侧乳腺癌和纵隔淋巴瘤等。
5.常规放疗后肿瘤残留或复发，再程放疗会导致截瘫、骨和神经坏死、消化道穿孔和大出血等致死并发症的肿瘤，如复发的鼻咽癌和直肠癌等。
6.对常规光子放疗不敏感，并且解剖位置复杂，手术创伤大的部位的肿瘤：如头颈部的腺样囊性癌和黑色素瘤、颅底和骶骨的脊索瘤、胰腺癌等
