专家认为，多数儿童中枢神经系统肿瘤、颅底肿瘤和视网膜母细胞瘤适合质子治疗。小儿颅内肿瘤质子治疗的适应证有：室管膜瘤、颅咽管瘤、母细胞瘤、横纹肌肉瘤、PNET/次全切除后低级别胶质瘤。
为了进一步探讨不同部位的肿瘤是否适合质子治疗，专家比较了室管膜瘤、颅咽管瘤、髓母细胞瘤和横纹肌肉瘤的光子和质子治疗方案。所有治疗方案的比较结果表明，质子治疗的总剂量较低，但这对治疗结果的影响仍有争议。
质子能减轻认知障碍，降低耳蜗剂量，减轻听力障碍；高级别的脑胶质瘤和脑干胶质瘤可以利用质子，但很难达到真正的肿瘤边界，也很难达到构象。
质子治疗胸、腹、骨盆肿瘤的适应证；儿童胸壁阿斯金，质子疗法保护肺部；小儿盆腔横纹肌肉瘤，质子保护膀胱、直肠、小肠、性腺；躯干及四肢软组织肉瘤，质子能保护皮下组织，减轻水肿，保护关节；
质子治疗禁忌症：当质子不能保护相应的正常组织时，就不需要使用质子治疗，如肺肺放射治疗；小儿肿瘤姑息或紧急治疗，质子很少使用；解剖范围变化迅速，不应使用质子；如肿瘤治疗中的器官移动、充盈和快速体积缩小；白血病，全脑放射治疗。
