质子疗法适用于包括肺癌、淋巴瘤和胸腺瘤等其他胸腔癌、头颈癌、肝癌、胰腺癌肉瘤，特别是位于颅骨底部、脊髓或腹膜后的肉瘤前列腺癌乳腺癌横纹肌肉瘤、黑色素瘤、其他眼周癌，良性肿瘤等。
质子治疗在治疗儿童方面具有独特的优势，适用于所有年龄段的儿童，特别是对年幼的儿童和婴儿来说利益最 大。在许多儿科患者中，质子治疗能显着降低放射治疗晚期并发症的风险。
当肿瘤位于或靠近身体敏感区域时，减少多功能辐射是最有用的。心脏后方脊柱肿瘤、眼旁肿瘤、生殖器旁肌肉内肿瘤是质子治疗活跃的场所，质子治疗可以减少对这些器官产生负面影响的机会。
降低将来的癌症风险，化疗和放射线治疗等癌症治疗手段的重症副作用之一是，在生命末期有与治疗相关的癌症发生的风险，这个风险很小，但是孩子对放射线的影响更敏感，所以长期来说医生能做的事情就是把这个风险降到最小限度。
接受放射线治疗的时候，只有身体的放射线照射的部位将来有得癌症的风险。质子治疗能减少健康组织接触的放射线量，因此儿科患者将来患癌的风险很有可能降低。根据成人进行的早期研究，使用质子治疗可以将与放射线相关的癌症风险减少一半。
有什么副作用？质子治疗的副作用与其他放射治疗的副作用相似。但是，由于该技术意味着放射线暴露量少，副作用比以往的放射线治疗小，对脑、心脏、口腔、食道、脊髓等微结构的损伤也减少。副作用可能在治疗后逐渐出现，治疗区附近皮肤疼痛、发红，外观和感觉像晒伤一样的治疗区脱毛；根据疲劳和能量不足治疗部位的不同，也有头疼、饮食和消化的问题等副作用。
