自1993年以来，汤普森已从烟草公司获得了超过60,000美元的竞选捐款，他“接近”该行业的一些顶级黄铜。在1995年由烟草业巨人菲利普莫里斯（Philip Morris）支付大部分费用的国际旅行之后，汤普森写信给那里的一位高管：“我珍视您的忠诚和友谊，并期待与您分享更多美食。...我热切期盼我们的下一次冒险。”汤普森第二年再次以菲利普·莫里斯的一角出国旅行。
但是，在推动更严格的烟草控制方面有突出表现的几个大型卫生组织并未反对汤普森。
美国心脏协会的一位发言人告诉WebMD，“我们不担任职务。我们当然希望与新政府紧密合作。”
美国癌症协会的女发言人雷切尔·泰瑞（Rachel Tyree）告诉WebMD：“虽然州长不是烟草控制的拥护者，但他的记录正在改善，而且我们之间有着良好的关系。他与我们的部门办公室一起处理了许多其他癌症问题。”
这些职位不请格兰兹。他对WebMD表示：“国家烟草控制组织的冷淡反应令我感到失望。”“他们认为他很可能会得到证实，而且他们不想[激怒他]。”
泰里说：“与其他一些只关注烟草并且可能对他有更强烈看法的其他团体相比，我们对此的看法要广泛得多。”
但是烟草并不是汤普森健康记录中唯一可能出现在确认听证会上的方面。
美国细胞生物学协会公共政策主任蒂姆·勒山（Tim Leshan）告诉WebMD，科学家，医学院和疾病研究小组对联邦资助胚胎干细胞研究的可能威胁感到担忧。这些细胞在对抗许多可怕的疾病方面具有广阔的前景，因为“未成熟的”细胞具有发展为几乎任何类型的身体组织的潜力，包括骨骼，心脏或脑组织。但是堕胎的敌人认为这项研究涉及破坏生命。在克林顿总统的领导下，美国国立卫生研究院批准了干细胞研究的联邦资金，尽管尚未分配任何研究资金。
勒山告诉WebMD，“我们担心布什政府可能会介入并以行政命令阻止这项研究。”“一方面，汤米·汤普森一直支持胚胎干细胞研究，因为这项发现是在威斯康星大学麦迪逊分校进行的，但布什竞选团队表示反对联邦资助干细胞研究。”
汤普森还反对人工流产，这引起了全国妇女协会，美国计划生育联合会以及全国堕胎和生殖权利行动联盟的强烈反对。
汤普森另一个可能的听力闪点：器官移植界人士提醒，汤普森（Thompson）起诉克林顿（Clinton）的HHS，该计划是根据医疗需要而不是地理位置重新分配可用器官的计划。汤普森（Thompson）辩称，HHS计划以威斯康星州为代价而偏爱其他州，而威斯康星州拥有强大的捐赠计划。
该诉讼被驳回，政府最近开始实施其分配计划的修订版。
匹兹堡大学医学中心女发言人丽莎·罗西（Lisa Rossi）接受了汤普森反对的国家计划，他对WebMD表示：“如果他试图取消这项规定，将会引发很多抗议和挑战，并使整个移植界再次激怒了。我不认为布什政府希望至少在开始时就不会有这样的争议。”
负责组织器官捐赠组织的联合器官共享网络（UNOS）与HHS就规则发生冲突，并支持汤普森的提名。联合国系统执行主任沃尔特·格雷厄姆（Walter Graham）表示，汤普森“对器官捐献和移植问题投入了极大的个人兴趣和承诺。我们期待着他的确认与他合作。”
