科学家使用基因组测序来揭示耐药性胃肠细菌可以在医院内传播的程度，突出挑战医院的控制感染。
肠球菌粪便是一种常见于胃肠道的细菌，在那里它通常存在而不会导致宿主问题。然而，在免疫表情患者中，它可以导致潜在的危及生命的感染。
在过去的三十年中，出现了抗毒素抗生素的菌株，包括氨苄青霉素和万古霉素，限制治疗方案 - 特别令人担忧，这些菌株往往是那些在医院获得的E.粪便感染中的那些。
剑桥大学的科学家团队和伦敦卫生学院和热带医学学院已开创了一种与流行病学和基因组信息相结合的方法，以将细菌在医疗环境中的传播。这有助于医院识别感染源，并通知感染控制措施。
在2020年10月26日公布的一项研究中，在自然微生物学中，该团队已将这种技术应用于医院环境中的耐药E.粪便的传播。
Theodore Gouliouris博士从剑桥大学医学院，并在研究中联合第一作者说：“我们已经知道两十年来，医院的患者可以捕获和涂抹耐药E.粪便。防止其传播要求我们理解细菌生活的地方 - 它的'水库' - 以及它是如何传播的。
“迄今为止的大多数研究依赖于培养来自样品的细菌。但随着我们所表明的，全基因组测序 - 看着细菌的DNA - 结合详细的患者和环境采样可以是一个有力的工具，可以帮助我们进行展示其传播并告知防止进一步爆发的方法。“
该团队随访149名血液学患者，入院，剑桥大学医院，剑桥大学医院NHS基金会信托，超过六个月。他们从医院环境中从患者和拭子中取出了粪便样本，并为E. FAECIUM培养。
细菌的基因组分析在鉴定医院收购的E.粪便中更有效：从101例患者中，基因组分析发现，三分之二的患者获得了E.粪便，而单独使用培养方法不到一半。 。
在医院环境中占用的拭子的一半（48％）对于Vancomycin抗性E. FaeCium呈阳性。这包括36％的医疗器械，76％的非触摸区域，如通风口，41％的床铺和68％的公共浴室测试。
研究人员表明，即使是深度清洁也无法消除细菌。该医院在研究期间在研究期间为期三天进行了深入清洁，当患者在别处移动时;然而，当团队在患者返回病房之前的采样位置时，他们发现9％的样品仍然对细菌进行阳性。在返回病房的患者的三天内，大约一半的采样网站测试了阳性。
患者（74％）的患者（111/149）是A1思工的载体 - 一种在抗生素氨苄青霉素抗性的医院中常见的大型粪便的多毒性菌株，其经常获得对万古霉素的抵抗力。在这111名患者中，67例具有强烈的流行病学和基因组联系，至少具有另一种患者和/或其直接环境。
“这些病例与另一名患者或其环境都相关的事实表明，他们强烈建议他们在医院挑选多毒性细菌，”联合伦敦卫生和热带医学学院弗朗西斯科博士说第一作者。
进一步的基因组分析表明，在这种多种耐药菌株内是几种亚型（通过如何遗传 - 类似的亚型）。然而，患者携带多于一种亚型并不罕见 - 没有详细的基因组分析 - 可能会识别感染传播途径的困惑。值得注意的是，尽管有多达115个亚型的流通，但28％的E.粪便收购是由两种超级涂层造成的。作者发现没有对常见消毒剂的抵抗或耐受性的证据，以解释这些亚型的成功。
六项研究患者收缩了“侵袭性感染”，这意味着它们在肠道中脱脸，但随后发生了症状感染。比较感染和肠道的基因组菌株的作者确定了侵入式E.粪便感染来自患者自己的肠道。
“我们的研究在前面的观察中建立了E. Feecium的耐药菌株尽管标准清洁，但仍然惊讶地发现深度清洁的效果有人感到惊讶，”Gouliouris博士补充道。
“尽管使用已证明对该臭虫有效的清洁产品和程序，我们发现高水平的医院适应的E. Faecium。它突出了在医院爆发它的程度如何挑战。“
高级作者Sharon教授来自剑桥大学医学院的孔雀补充说：“特定弱势患者群体的耐药大肠病的感染率高及其逃避清洁措施的能力对感染控制构成了重要挑战。患者筛选，充分提供隔离和套间卫生间设施，改进和更频繁的清洁程序，以及更严格的保健工作者卫生卫生实践将缩短这一全局流行。
“但这也是我们迫切需要解决全球抗生素的不恰当使用的迹象，这被广泛认可为对我们健康的灾难性威胁和控制感染的能力构成造成灾难性的威胁。”
参考：“通过基因组监测量化肠球菌饲养和传播”由Theodore Gouliouris，Francesc Coll，Catherine Ludden，Beth Blane，Kathy E. Raven，Plamena Naydenova，Charles Crawley，MiliEstéeTörök，David A. Enoch，Nicholas M. Brown， Ewan M. Harrison，Julian Parkhill和Sharon J. Pecock，2020年10月26日，Nature Microbiology.doi：
10.1038 / s41564-020-00806-7
该研究由卫生部和惠康部门资助。
