空腔脏器的肿瘤一般是不会做质子放疗的，尤其是对于没有远处转移的中早期患者，通常来说传统的手术加上术后或者术前的辅助化疗会获得更好的效果。另外胃肠道本身具有蠕动特性（你拿个听诊器听听肚子，正常情况下每分钟能听到4-5次咕噜声，这就是肠道蠕动时发出的声音），这一特性对于照射精度要求非常高的质子治疗来说很棘手，所以大多数情况下，质子治疗是不用于胃肠道肿瘤的。
尽管有些质子中心会将质子治疗用于局部复发的或者无法做手术的结直肠癌患者，在其中一些患者身上也显示出了一定疗效，但就我目前所知道的情况，并没有足够证据证明这种情况下质子的效果会全面超过光子。
早期前列腺癌，手术还是质子的效果更好？
在美国，目前超过90%的前列腺癌根治切除术都是由机器人辅助完成。而前列腺癌是运用质子治疗多的癌症之一，过去五年内，接受质子治疗的美国前列腺癌患者数量也在稳步上升——和中国患者一样，许多美国患者也非常希望可以获得质子治疗，即便它的费用比传统的光子放疗高得多。
微创手术（包括达芬奇机器人）和质子治疗是针对中早期前列腺癌主要的治疗手段，两者各有优劣。
从远期效果来说，两种治疗的效果是一致的；
从副作用来说，质子治疗的痛苦较少，治疗后生活质量更高，手术导致尿失禁、性功能障碍以及感染的概率会更高一些；
从病理的角度来说，质子无法获取标本。另外如果放疗之后复发，由于放疗可能引起的组织纤维化和粘连，想再进行手术的难度会非常大。
达芬奇外科手术系统，手术视野可放大10倍
具体取决哪种治疗方式，应当综合考虑患者的年龄、检查结果和对生活质量的要求。因此在治疗之前，建议患者都听听泌尿外科以及放疗科医生的意见。前列腺癌本身是进展非常缓慢的肿瘤，治疗决策可以在诊断之后几周再做出，而并非争分夺秒。
