大部分的肿瘤葡萄糖代谢是增高的，但少部分肿瘤的葡萄糖低代谢会导致显像的假阴性，如肝细胞肝癌、肾透明细胞癌、消化道印戒细胞癌和一些低度恶性的肿瘤等；小于0.5cm的病灶由于分辨率有限也很难探测出来；对于一些感染性病变（如结核、真菌等），因为炎症区域内的炎细胞摄取18F-FDG增高，会被误认成为肿瘤病灶。
检查前短期内使用过升白治疗、血糖过高、未充分禁食、冬季未充分保暖导致棕色脂肪动员等也会引起“假阳性”或“假阴性”情况。
另外，由于正常脑组织的葡萄糖代谢就很高，所以PET/CT对神经系统的病变检出也存在一定局限性。
确诊肿瘤是一个复杂的过程，并非一个PET/CT便可说明所有问题；每项检查都有其优势，如食道、胃、肠等空腔脏器的的情况内镜检查会更直观，磁共振对于神经系统和软组织更敏感，甲状腺的超声检查可以看到结节的血流、包膜侵犯和微小的钙化等情况。
所以，有时候在做PET/CT检查时，医生还会要求病人进一步进行超声、CT、MRI超声检查。但是，任何一项影像学检查都不是完全准确的，确定肿瘤的性质，病理仍然是“金标准”。
PET/CT检查安全吗？
PET/CT是一项安全、无创的检查。受检者在检查过程中会受到一定量的辐射，所接受的辐射源有2种：一种是CT扫描时发射的X射线，另一种是PET显像时注射的放射性药物18F-FDG所发射的γ射线；
患者接受一次PET/CT检查，其中PET扫描所需核素产生的辐射剂量约为4.6-6.2mSv，但是第三代PET/CT，受检者的辐射剂量可下降到约3.8mSv，所用的CT比常规CT辐射剂量要低；也有研究显示，受检者进行一次全身18F-FDGPET/CT检查的总有效辐射有效剂量相当于一次局部的（腹部或盆腔）常规CT扫描所产生的辐射剂量。
所用放射性核素是一种超短半衰期的同位素，衰变很快，在几个小时内就完全从人体内消失。通过多喝水，加速药物排泄，也可适当降低患者接受核素的辐射总剂量。
毕竟PET/CT检查有一定辐射剂量，使用时要也权衡利弊，诸多核医学专家反对将其视为纯粹的健康体检工具，应严格掌握PET/CT检查的适应症，采用正当化、优化原则使用PET/CT检查。
