通常来说，如果是现在肿瘤复发的部位和原来接受过放疗的部位完全相同的话，考虑到辐射剂量的问题，一般是很难再做质子治疗的。
每个质子中心都有相应的规定，例如上海质子重离子中心对于同一个部位做过2次或以上放疗的患者是不接收的，而有些质子中心要求患者在过去2年内不能做过其他放疗。
空腔脏器的肿瘤一般是不会做质子放疗的，尤其是对于没有远处转移的中早期患者，通常来说传统的手术加上术后或者术前的辅助化疗会获得更好的效果。另外胃肠道本身具有蠕动特性（你拿个听诊器听听肚子，正常情况下每分钟能听到4-5次咕噜声，这就是肠道蠕动时发出的声音），这一特性对于照射精度要求非常高的质子治疗来说很棘手，所以大多数情况下，质子治疗是不用于胃肠道肿瘤的。
尽管有些质子中心会将质子治疗用于局部复发的或者无法做手术的结直肠癌患者，在其中一些患者身上也显示出了一定疗效，但就我目前所知道的情况，并没有足够证据证明这种情况下质子的效果会全面超过光子。
所以放疗和质子重离子治疗不能在短时期内同时做，胃肠癌也不能使用质子治疗。
