质子和重离子这两种粒子相比光子而言，质量较大，在物质内散射少、射线更为锐利，由此进一步减少了肿瘤周围正常组织的照射剂量。那么质子重离子治疗病人时是怎样的？
在真正的治疗开始前，医生会先明确病人是否合适进行质子重离子的治疗。如果合适的话，就可以开始准备了。譬如前列腺癌，上面是膀胱，后面是直肠，小便和大便的多少都会造成前列腺的移动，医生要保证它在每次治疗时处于相对一致的位置上，否则一旦“定向爆破”就爆错了地方。
此后病人先进行CT模拟，扫描出来的图象开始进行三维的重建，在电脑上模拟出剂量究竟是怎样进入的。模拟完了以后，电脑的小图上已经做好了计划，让病人躺在准备室里面，接着医生把病人放入机械床里，这个机械床通过运输运到治疗机房，只要床对位到精细准确的位置上，大部分工作就开始交给一支全自动化的机械臂了，它会自动移到需要治疗的部位。
最后技术人员在旁边的操作室开关射线，进行治疗，基本上能全程无痛。真正的照射时间较短，只有两三分钟，更多时间其实是在确保病人治疗过程中位置的精细准确。一般来说，整个疗程短的一个星期，长的一个月到一个半月左右。
