鉴于食管的解剖学位置，放疗剂量通常会大量沉积于心脏和肺。多项研究发现心脏和肺等器官受照与毒性作用及术后并发症的发生密切相关。与3D适形放疗相比，IMRT改善了器官的剂量分布；治疗计划和剂量学的比较研究进一步显示，与3D适形放疗和IMRT相比，质子治疗可显著降低心脏和肺的照射剂量。质子治疗可最 大 程 度地保护心脏前部组织，减少心脏的照射剂量，具有明显的临床优势。
质子治疗食管癌的临床经验多局限于单一中心，伴或不伴同步化疗。有研究表明无法手术切除的食管癌患者，部分患者接受质子治疗，其5年局部控制率、无进展生存率以及总生存率都有所提高。
术后并发症在食管癌患者术后较为常见，主要是心脏、消化道或肺部并发症，发生率与医院规模和外科医生的经验相关。有研究发现放疗方式与肺、心脏和伤口并发症存在显著相关性，质子治疗和IMRT与3D适形放疗相比可降低并发症的发生率，质子治疗可降低肺和伤口并发症的发生率。
与IMRT和3D适形放疗相比，质子治疗显著缩短了患者的住院时间，并且住院时间与机构或促进术后恢复方案不相关。有趣的是，接受3D适形放疗和IMRT的患者其术后90天死亡率相似，但接受质子治疗的患者其死亡率显著降低。越来越多的临床试验显示，接受质子治疗的食管癌患者可获得更多的临床获益，包括术后并发症减少和住院时间缩短等，但质子治疗更多的优势还需要等待进行中的临床试验为我们揭晓。
