关于质子治疗，在治疗期间，患者通常每周接受5次质子治疗，持续数周。但是，根据情况，患者有时只接受一次或几次治疗。实际的质子疗法可能只需要1分钟左右，但预计每次治疗需要30到45分钟的准备时间。患者还可以每周进行CT验证扫描，根据体重和肿瘤的大小和形状的变化判断是否需要重新计算剂量，这取决于患者的情况。
质子治疗准备时，患者坐在桌子上，垫子和约束物使患者的身体静止下来。然后，患者进行x射线和CT扫描等图像检查，确认各治疗前患者的身体位于同样正确的位置。之后，工作人员离开房间，进入可以监视患者的区域。他们依然能看到患者，能听到患者。
接下来的体验由围绕患者旋转的质子治疗器决定，使用机器进行质子治疗的话，患者被放在桌子上，慢慢滑入机器的圆形开口。机器围绕患者旋转，使质子束对准患者身体上的正确点。
使用不移动的质子治疗机固定梁机器进行质子治疗时，放置的桌子移动，质子治疗机保持静止，放疗小组可以远程控制治疗中的工作台移动。治疗中工作台移动的频率取决于患者的状况。治疗结束后，患者可以开始新的生活，既没有放射线也没有放射能。
放射线的副作用通常随着时间的推移而产生，最初患者可能副作用很少。但是，经过几次治疗后，患者可能很累。这可能让患者感到自己的日常活动更辛苦，或者几乎没有完成日常任务的精力。在质子束照射的地区，可能也会注意到皮肤上有晒黑样的红肿。
专家指出，质子治疗是利器，但并不适用于所有癌症，也不能代替手术和化学疗法等其他疗法，癌症治疗必须从综合考虑整体因素开始。医生可能会建议质子治疗期间和之后进行周期性影像学检查，判断患者的癌症是否对治疗有反应。
