质子重离子本质上仍是一种放射治疗，是一种局部治疗方法，其优点是精度高、效率高、对周围正常组织损伤小。但必须记住的是，它本质上还是放射治疗，是局部治疗，一点也不神奇，它仍然只是“切”和“烧”肿瘤，它主要适用于早期癌症，而且在大多数情况下，早期癌症可以通过手术来解决，直接切除，而且不需要花那么多钱，所以对于那些可以手术治疗的早期癌症，还是建议手术治疗，费用不多，疗效肯定，治愈的概率很高。
质子重离子疗法确实有其优点。比如，虽然是早期癌症，如果是老年人，或者是因为其他疾病不能耐受手术治疗，那么这种治疗就可以考虑了。另一种是肿瘤的位置很难手术，比如头颈部的癌症，虽然可以手术，但多数会造成面部毁容。头颈部空间小，手术难度大，毁容伤人。很大程度上，此时放疗可以显示其天赋，所以放疗在头颈部肿瘤中的地位很高，但普通放疗不够准确，虽然不会对外观造成损伤，但仍可能给周围组织带来更多的损伤。严重的放射损伤，现在这个质子重离子比较准确。
因此，如鼻咽癌、脑膜瘤、口咽癌、胶质母细胞瘤、前列腺癌、脊索瘤、腹膜后肉瘤、骨及软组织肿瘤、胰腺癌、胸腺瘤等。这些头颈部、脑深部肿瘤可能是较好的适应症，但前提仍然是不能晚期，如果全身扩散转移晚，效果就没有那么明显。
总之，如果局部病变可以考虑用这个得到，因为它准确、局部疗效好，而且有优势。除上述例子外，例如，某个癌症术后复发，是局部复发，但复发的部位非常棘手，手术不方便甚至不可能进行，化疗也不能耐受。对于这种局部复发，可以考虑放射治疗。当然，用质子放射治疗比较好。
